ينتمي دواء بانتوبرازول (بالإنجليزية: Pantoprazole) إلى عائلة دوائية تعرف باسم مثبطات المضخة البروتونية (بالإنجليزية: Proton Pump Inhibitor)، والتي تعمل على التقليل من كمية الأحماض التي يتم إنتاجها في المعدة.
يتجمع البانتوبرازول في الجزء الحمضي من الخلايا الجدارية للمعدة، حيث يتم تحويله هنالك إلى شكله الفعال الذي يرتبط ويثبط عمل ما يعرف بإنزيم أتباز الهيدروجين والبوتاسيوم (بالإنجليزية: Hydrogen Potassium ATPase)، أو المضخة البروتونية، مما يؤدي إلى إيقاف المرحلة الأخيرة من إنتاج أحماض المعدة؛ وبالتالي تتوقف عملية إفراز الأحماض في المعدة بصورتها الطبيعية أو المحفزة (نتيجة مرض معين).